Mhh je suis sans doute un noob en Java mais je pense qu'on peut modifier le code source, simplement celà risque de ne plus rendre la version compatible.
Donc en modifiant et en faisant télécharger la version modifiée par tous on obtient une nouvelle version officielle.

Pour le pack commis je crois qu'ils utilisent une autre méthode : c'est carrement une machine extérieure qui se branche sur l'ordi et "attaque" directement Java pour le modifier en temps réel, un truc balaise mais qui marche mieux puisqu'indetectable.